Citata dall’autore greco Polibio (203-120 a.C.) col nome di Hierà Nèsos (Isola Sacra), Marèttimo entrò nei libri di storia in seguito alla battaglia delle Egadi del 10 marzo del 241 a.C., che pose fine alla prima guerra punica.
Pare che l’armistizio tra romani e cartaginesi fu firmato proprio a Marèttimo, che rimarcò così un’antica vocazione alla sacralità e alla tregua tra popoli diversi.
Dopo la prima guerra punica i romani non abbandonarono del tutto Marèttimo; attorno al 150 a.C. costruirono un presidio militare che controllava la rotta tra Capo Bon (Tunisia) e Roma. Il complesso monumentale noto come Case Romane, che si trova a monte del paese, a quota 250 metri circa, è costruito in opus quasi reticulatum. Esso presenta anche strutture del IV secolo d.C., riconducibili a un antico culto delle acque.
Nella stessa area è presente un’affascinante chiesetta rurale di epoca normanna (XI-XII secolo) costruita dai monaci Basiliani, di lingua greca. I monaci scelsero questa parte dell’isola non solo perché al riparo dai pericoli del mare, ma anche perché offriva loro la possibilità di utilizzare, come cenobio, l’edificio romano preesistente. Si ipotizza che la chiesa fosse dedicata a San Simone.
L’area, particolarmente suggestiva, è stata oggetto d’una prima indagine archeologica a metà degli anni Novanta da parte delle archeologhe Fabiola Ardizzone ed Elena Pezzini, e tra il 2007 e il 2008 è tornata a essere teatro di scavi da parte delle stesse studiose, coadiuvate da alcuni giovani collaboratori, dal Comune di Favignana-Isole Egadi e dalla Soprintendenza di Trapani.
I recenti lavori di spietramento dell’area hanno evidenziato la presenza di cinque massi posti in verticale e simmetricamente rispetto a un masso centrale di maggiore altezza. I massi, allineati tra la chiesetta basiliana e i resti romani, hanno dato vita ad affascinanti ipotesi in qualche visitatore dell’isola. Colpisce, ad esempio, il perfetto allineamento tra il masso centrale e un masso orizzontale posto a monte dell’allineamento stesso, con il sorgere del sole agli equinozi di primavera e autunno, così come si è verificato spesso in similari allineamenti, di origine neolitica, visibili in Sardegna e a Malta.
Grazie a questi lavori la conoscenza sulla storia di Marèttimo si è arricchita con la scoperta di un altro edificio di culto cristiano, dotato di un battistero con fonte a immersione, databile tra il VI e il VII secolo d.C che, molto probabilmente, faceva parte di un santuario protobizantino meta di pellegrinaggio.